Aya Yani Kilisesi Aziz Vaftizci Yahya`ya adanmıştır. Bu kilisenin yerindeki ilk kilisenin İmparator Teophilos`un (829-842) karısı İmparatoriçe Theodora tarafından Burgazada`sının ünlü sürgünü din adamı Methodius`un mahkum edildiği hücrenin üstüne inşa ettirilmiştir. Bu kilise İstanbul`un fethi sırasında fazlaca hasar görmüş, 1759`da onarılmıştır. Bir kitabeye göre, 1817`de tekrar tamir görmüştür. 10 Temmuz 1894 depreminde kilise kullanılamayacak kadar harap olmuş, yenisi 1896`da inşa edilmiştir. Günümüzde, Burgazadası Rum halkının kullandığı cemaat kilisesidir. Kiliseye güney tarafındaki narteks bölümünden girilir. Narteksin sağ ve solundaki iki sütunlu, kemerli birer kapıdan girilen 2 hacim vardır. Soldaki hacimden 11 basamaklı dar bir merdivenle küçük bir hücreye inilir. Methodius`un mahkum edildiği hücre burasıdır. Narteksin sağındaki bölmeden ise merdivenlerle üst kata, esas kilise bölmüne açılan galeriye çıkılır. Orta nef Aghios İoannes`e, sağ yan Hagia Paraskevi`ye sol yan nef de Hagios Ayazoni`ye adanmıştır. Hz. İsa, Hz. Meryem ve çeşitli azizlerin, Yedikule Balıklı ayazmasının ikonaları ile süslüdür. İkonostatasis, ambon ve despot tahtının zengin bir ahşap işçiliği vardır.