İlk filmin merkezinde yer alan Tim ve Ted Templaton kardeşlerin birer yetişkin oldukları dönemi anlatan Patron Bebek 2: Aile Şirketi, yetişkin yaşamı sırasında birbirinden uzaklaşan iki kardeşi yeniden bir araya getiren olayları konu ediniyor. Templaton kardeşler; Tim ve Patron Bebek, küçük kardeşi Ted yetişkin olmuş ve birbirlerinden ayrı düşmüşlerdir. Tim, artık evli, çalışmayan bir babadır. Ted, yüksek riskli yatırım fonu CEO’sudur. Ama modern ve hevesli bir yaklaşıma sahip olan yeni bir patron bebek onları bir araya getirmek ve yeni bir aile şirketine ilham olmak üzeredir. Tim ve evin geçimini sağlayan karısı Carol, 7 yaşındaki süper zeka kızları Tabitha ve yeni doğan, sevimli bebekleri Tina ile birlikte banliyöde yaşarlar. Prestijli Acorn Gelişmiş Çocukluk Merkezi’nde sınıfının birincisi olan Tabitha, Ted amcasını idolleştirmiştir ve büyüdüğünde onun gibi olmak ister. Ama hâlâ aşırı aktif ve gençlere özgü hayal gücüyle temasta olan Tim, Tabitha’nın çok fazla çalışmasından ve normal çocukluğu kaçırdığından endişe eder. Bebek Tina Tabitha’nın okulunun ve gizemli kurucusu Dr Erwin Armstrong’un, ardındaki karanlık sırları açığa çıkarmak üzere BabyCorp için çalışan çok gizli bir ajan olduğu ortaya çıktığında bu durum Templeton kardeşleri beklenmedik yollarla yeniden bir araya getirecek ve aile olmanın anlamını yeniden değerlendirmelerine ve gerçekte neyin önemli olduğunu keşfetmelerine yol açacaktır.