20. yüzyılın en büyük atom fizikçilerinden Niels Bohr ve Werner Heisenberg 1941 yılında Kopenhag'da tarihin akışını değiştiren bir görüşme yaparlar. Hakkında Hitler için atom bombası yaptığı iddiaları dolaşan Heisenberg, Nazi işgali altındaki Danimarka'ya, yarı-Yahudi eski arkadaşı ve hocası Bohr'u ziyarete gider. Yanlış anlaşılmalar ve belirsizliklerle dolu bu görüşmenin sonucunda İkinci Dünya Savaşı'nın gidişatı ve milyonlarca insanın kaderi belirlenir. Heisenberg, Bohr ve Margrethe'ın huzura kavuşamayan ruhları, hayattayken yanıtlayamadıkları bir sorunun cevabını aramaktadır: Heisenberg Kopenhag'a neden geldi?

Belirsizlik, bellek, nezaret ve perspektif temalarını konu eden Kopenhag; bilimin ve sosyal hayatın temeli olan "belirsizlik" labirentinde modern fizik, felsefe ve ilişkilere dair bir anlatı kuruyor. Hakimi, savcısı ve sanığı sürekli olarak değişen sürreal bir davanın etrafında şekillenen sahneleme fikri, politik söylemlerin git gide sertleştiği çağımızda alınan kararlar ve sorumluluklar üzerine etik bir tartışma açıyor.