Ailesi ile sorunlar yaşayan bir çocuğun, hastalanması ile mikroplar çocuğun vücudunda bir Mikrobistan krallığını kurmuşlardır. Kral Mikrobüs’ün amacı mikropları bütün vücuda yaymaktır. Askerus, Mikrobistan krallığının koruyucusdur. En yakın arkadaşı Mikrocuk’un ülkeden kovulmasından sonra içinde bulunduğu krallığı sorgulamaya başlar. Mikrocuk’un sürgüne gönderilmesinin ardından, çocuğun vücuduna temizliğe gelen Köpücük, Askerus ile karşılaşır. Köpücüğün yardımıyla arkadaşını kurtarabileceğini düşünen Askerus, Kral Mikrobüs’ün ‘’onu vücuttan dışarı gönder’’ emrine uymaz ve Köpücük’ü vücuttan atmaz. Askerus Köpücük ile iş birliği yapar. Ancak çocuğun hastalanmasının artmasından dolayı yorgun düşen Köpücük, seyircilerin yardımlarıyla Mikrocuk’u getirmeye gider.

Zamanla düşünmeye ve sorgulamaya başlayan Askerus, artık Mikrobüs’ün kötü bir mikrop olduğunu anlar ve artık kendi kararlarını vermek istediğini düşünür. Mikrocuk ile gelen Köpücük’de Askerus’u kötü Mikrobistan krallığından kurtarır. Ebeveynleri ile sorununu çözen çocuk da Mikrobistan krallığının sonunu getirir. Krallık yıkılırken Köpücük, Mikrocuk ve Askerus Mikrobistan krallığını terk eder. Çocuğun vücudunda iyi mikrop olarak yaşamaya başlar.