Sonic the Hedgehog 2, yaşananlardan sonra Tom'un yanında kalan Sonic'in, bu kez yanında daha güçlü bir silahla karşısına çıkan Dr. Robotnik ile yeni mücadelesini anlatıyor.

Sonic, Green Hills’e yerleştikten sonra gerçek bir kahraman olmak için gereken özelliklere sahip olduğunu kanıtlamak için sabırsızlanır. Dr. Robotnik, bu kez yeni ortağı Knuckles ile birlikte medeniyetleri yok etme gücüne sahip olan bir zümrüdün arayışıyla geri döndüğünde sınavı başlar. Sonic, yardımcısı Tails’le ekip olur ve birlikte zümrüdü yanlış ellere düşmeden bulmak üzere dünya çapında bir yolculuğa çıkarlar.